Das IZKF ist eine Einrichtung der Medizinischen Fakultät der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU). Es ist organisatorisch im Universitätsklinikum angesiedelt. Am IZKF partizipieren sowohl die Einrichtungen des Universitätsklinikums als auch die bei der Universität angesiedelten Institute der Medizinischen Fakultät. Mitglieder der Naturwissenschaftlichen Fakultät können sich als Mitantragsteller am IZKF beteiligen.
Die Strukturen und Abläufe des IZKF sind in den Statuten, der Geschäftsordnung und der Beiratsordnung des IZKF niedergelegt.